Москва, 1956 год. Четыре женщины, которых связывает военное прошлое: работа в спецотделе ГРУ, спустя 11 лет сходятся вновь, чтобы вести расследования и помогать следственным органам в особо запутанных делах. Обладая феноменальными аналитическими способностями, Ирина, Анна, Софья и Катерина, рискуют собой, а также благополучием собственных семей, чтобы выйти на след преступников, которые угрожают жизни простых людей и всей стране в целом. «Шифр» — российский телевизионный детектив, снятый по мотивам британского мини-сериала The Bletchley Circle («Код убийства»). Рабочее название сериала — «Шифровальщицы». Производством сериала занимается компания Sony Pictures Television, «Леан-М» и Продюсерское объединение «Победа».

Анна узнает, что Проскурин уволился и уехал в Мурманск. Подруги ищут убийцу, застрелившего друга Турина из винтовки Мосина.

Ирина подозревает, что снайпером могла быть женщина. Соня передает в МУР сведения о банде, ограбившей ювелирный магазин.

Турин следит за инструкторшей стрелкового клуба. Ирина возвращается к Алексею, чтобы Евгений мог уехать за границу.

Милиция расследует нападение на инкассаторов. Анна и Соня выясняют, что члены банды сбывали краденое через объявления в газете.

Подруги выходят на работу в МВД. Их первое дело — смерть партработника, которого загрызли собственные собаки.

Сыщицы пытаются разгадать странные знаки в доме убитого. Милиция выкапывает труп овчарки, погибшей вскоре после вакцинации.

Судмедэксперты обнаруживают пропажу тела партработника из морга. Соня отправляется на встречу с гипнотизером-мошенником.

Анна собирает информацию о парне, покусанном собственной собакой. Евгений ищет детей Ирины, не вернувшихся домой из школы.

По дороге в аэропорт сотрудницы МВД получают картину с шифром. Прибыв в указанное место, они обнаруживают труп журналистки.

В деле появляется новый подозреваемый — учитель рисования Мальцев. Сыщицам передают второе послание от преступника.

Соня и Катя пытаются спасти Мальцева, решившего покончить с собой. Милиция устраивает облаву на водопаде.

Сотрудники МВД разыскивают свою похищенную коллегу Наталью. Соня предполагает, что убийца как-то связан с пчеловодством.

Аналитический отдел расследует гибель дочери чиновника Никитина. Подозреваемый самостоятельно является на допрос.

Анна ищет организаторов подпольных художественных выставок. Катя выступает в роли немки, коллекционирующей живопись и скульптуру.

Милиция находит автомобиль, участвовавший в смертельном ДТП. Анна и Соня узнают, что дочь Никитина была связана со стилягами.

Девушки устраивают рождественскую вечеринку в американском стиле. Спецотделу необходимо получить признание насильника.