«Казус Кукоцкого» — история, сталкивающая зрителя лицом к лицу с правдой человеческих отношений и судьбой страны. Действие сюжета разворачивается в середине и во второй половине ХХ века, и охватывает практически все общественно важные события этого периода: уголовную ответственность за аборты, разгром генетики, «лысенковщину», аресты и лагеря, похороны Сталина, хрущевскую оттепель, эйфорические шестидесятые, жизнь столичной богемы и джаз. Главный герой фильма — потомственный хирург Павел Алексеевич Кукоцкий. Один из самых именитых гинекологов своего времени, Кукоцкий разработал обширную программу по борьбе с криминальными абортами и добивался отмены постановления 1936 года о запрещении абортов. Однако общество и по сей день не имеет единого мнения относительно искусственного прекращения беременности. Для одних оно — спасение несчастной женщины, для других — убийство нерождённого человека. Для первых Кукоцкий — ангел-хранитель, для вторых — изверг и душегуб. В фильме, как и в романе, несколько сюжетных нитей. Кроме истории жизни Кукоцкого, есть также и линия жизни его жены Елены, страдающей потерей памяти. Есть наследство из Буэнос-Айреса; драматическая история взросления дочери Кукоцких; ее сексуальные отношения с двумя близнецами-евреями; серийный маньяк-убийца; богемные джазмены и даже опыт существования после смерти.
Детский интерес Павла Кукоцкого к устройству всего живого приводит его в медицинский институт. Проходя практику Кукоцкий обнаруживает свой дар «внутривидения». Во время эвакуации из Москвы в 40-х годах в сибирский городок. Во время операции он буквально чудом спасает очень сложную пациентку.
Москва, 1945 год. Кукоцкий ратует за легализацию медицинских абортов, пишет соответствующее письмо в Центральный Комитет КПСС
Близкий друг Кукоцкого, Гольдберг, вступается за женскую честь, попадает в очередной раз в лагерь по уголовной статье незадолго до начала борьбы с космополитизмом. Его жена с маленькими сыновьями переезжают к Кукоцким.
Дворничиха, забеременевшая в очередной раз и совершив аборт, теряет слишком много крови. Её дочь Тома, одноклассница приёмной дочери Кукоцкого Танечки, приводит Павла Алексеевича в сторожку, но её мать уже мертва. Семья Кукоцких берёт Тому на воспитание.
Жена Гольдберга, дождавшись мужа из лагеря, умирает от сердечной недостаточности. У Кукоцкого с женой отношения всё более охлаждаются.
Прошли годы. На дворе 1958 год. Таня поступила в институт, Тоня учится на озеленителя. Жена Кукоцкого Лена теряет ориентацию во времени.
Кукоцкий возглавляет институт, ведёт деятельность по проблеме женского бесплодия. Дочь Таня занимается наукой, но узнав об экспериментах над человеческими эмбрионами, принимает решение больше этим никогда не заниматься.
Таня круто меняет свою жизнь: бросает работу, учёбу, уходит из дома и живёт у подруги, ювелирных дел мастера Козы, ведя богемный образ жизни.
Гольдберг занят работой о генофонде России, которую арестовывают ещё до публикации. Таня узнаёт о смерти своего биологического отца, скончавшегося за границей. Так же сообщает Кукоцкому о своей беременности.
После свадьбы с Гольдбергом Таня одна едет в свадебное путешествие в Крым, где знакомится с ленинградскими музыкантами, влюбляется в саксофониста Сергея. Вскоре у неё рождается дочь.
Татьяна счастлива. Она навещает родителей в Москве в канун Нового года, туда же приезжает за ней возлюбленный Сергей. Через некоторое время у Тани наступает вторая долгожданная беременность.
Дочь главного гинеколога страны в родильном отделении, в котором ни одного врача из-за выходных. Её состояние ухудшается. Павел Кукоцкий не успевает спасти дочь.