Сюжет фильма разворачивается в 2013 году в период обострения обстановки на Ближнем Востоке и в Северной Африке, осложнения внешнеполитической обстановки в Европе и охватывает события нескольких недель, в течение которых российским спецслужбам удалось разоблачить сложную и опасную комбинацию своих заокеанских оппонентов. «Спящие» - программа иностранных спецслужб, предполагающая использование ранее внедрённых в органы управления и крупного бизнеса агентов, ожидающих в «спящем режиме» команду на активные действия. О программе знают лишь несколько ветеранов, создававших сеть. На фоне межгосударственного кризиса программа «Спящие» возобновляется. Полковник ФСБ Андрей Родионов возвращается в Москву после пятнадцатилетней служебной командировки в Ливии и Ираке. Он потрясён изменениями, которые случились за это время с Россией, и пытается адаптироваться к новой реальности. Но долго скучать ему не приходится: Родионов получает ответственное задание: выяснить, как связаны между собой самоубийство высокопоставленного чиновника МИД, подготовка теракта группой боевиков, приезд в Москву высокопоставленного чиновника иностранной спецслужбы - специалиста по бархатным революциям, нападение на российских дипломатов в Ливии и разоблачение коррупции в органах безопасности. В ходе расследования полковник понимает, что эти события вовсе не случайны, а представляют собой разные этапы многоходовой операции иностранных спецслужб. Параллельно с этим развивается другая сюжетная линия: личные отношения Родионова пересекаются со служебными, некоторые из его знакомых оказываются теми самыми «спящими».

Москва, январь 2015 года. Полковник Родионов возглавляет Департамент безопасности в одном из крупных столичных банков, но хочет вернуться на службу. Кира теперь его жена. Она оправдана и вновь вернулась к работе в галерее... На одной из баз террористов в Северной Африке, на границе между Ливией и Тунисом происходит подготовка к масштабному теракту в Москве. Местный сотрудник миссии ООН Джафар случайно становится свидетелем подготовки. Он оперативно передает информацию в Москву Родионову: как агент Джафар работает только с теми, кто его завербовал. На следующий день Родионов вылетает в Тунис. За день до этого Кира отправляется в Ливию по просьбе её давнего клиента, влиятельного бизнесмена Павла Резника, чтобы оценить античные произведения искусства. А ее сын Артем с другом Мишей решают полететь в Стамбул...

Прилетев в Тунис, Родионов сразу узнает, что в аэропорту соседнего города Джербы взорвался частный российский борт, на котором Кира должна была возвращаться в Москву. Нарушая условия встречи со своим агентом, Андрей мчится в аэропорт Джербы, привлекая внимание боевиков. Джафар не успевает рассказать подробности подготовки теракта в Москве – его убивают. Начальник департамента транснациональных угроз ЦРУ Конан Шелби, изучая подробности крушения частного российского борт, выходит на связь с Иваном Журавлевым, который теперь возглавляет русскоязычное СМИ в Праге, и просит его о помощи. Артем и Миша попадают в лагерь террористов...

Андрей и Иван одновременно оказываются на территории разбомбленной базы террористов. Между мужчинами снова начинается «личная война». Ингрид Уотсон, представитель благотворительной организации «Миссия 44», выходит на связь с американскими СМИ и выдает операцию России по ликвидации боевиков за атаку на мирных жителей. Она видит в этом повод для ужесточения санкций. Иван узнает, что поставки воды в лагеря беженцев – лишь предлог. Задача водовозов с маркировкой компании «GLOWSTONE IND» – это перевозка нелегальной нефти. На одной из машин Иван проникает в лагерь боевиков на границе Ливии и Туниса и видит, что полевой командир Ахмед Салем жив.

Выдавая себя за охранника водовоза, Иван находит в одном из бараков для пленных Артема. Будучи врачом, Рашид приезжает в лагерь беженцев на регулярный осмотр и забирает в город на операцию раненого во время атаки российских ВКС главного соратника Салема – Фарида. Допросив Фарида прямо в палате Андрей выясняет, что вся информация по планируемому теракту хранится в компьютере Салема. Конан Шелби узнает про Ингрид Уотсон и ее схему торговли черной нефтью в североафриканском регионе. Американские спецслужбы готовятся к захвату Салема, устроив тому засаду. Но их планы срывает Иван, который неожиданно приходит в место засады. Родионов придумывает, как выйти на командира Ахмеда Салема...