Эта история о мальчике Рэде и его приключениях на пути к становлению мастером покемонов. Во время путешествия он и его соперник, Грин, должны не только собрать информацию обо всех покемонах своего региона, но и противостоять команде Ракета, помочь тем, кто в беде и, конечно, собрать все значки лидеров стадионов. Это всё и не только в рассказе о дружбе, верности и смелости, основанном на уже классической игре Pokemon Red & Green.

Рэд — мальчик из Паллет-тауна, который должен получить своего первого покемона. Вместе со своим другом детства и одновременно соперником Грином они идут к профессору Оуку, чтобы взять у него своего первого покемона. Профессор Оук предлагает одного из трёх на выбор: Бульбазавра, Чармандера и Сквиртла.

Выиграв много битв, и получив ещё два значка от побеждённых Лидеров стадионов, Рэд доходит до города Лавендера. В городе находится Башня покемонов, кладбище покемонов, где, по слухам, водятся призраки. Перед тем, как зайти в Башню, Рэд знакомится с посещает местный приют для покемонов и знакомится с девочкой по имени Рейна. Та показывает ему покемонов приюта, однако среди покемонов есть Кубон, который ненавидит людей.

Рэд получает ещё два значка, и его Чармелеон превращается в Чаризарда. Кроме того, он узнаёт про секретную базу Команды R под казино в городе Целадоне, врывается туда и срывает планы преступников, сразившись с их лидером Джиованни. Прибыв в город Саффрон, Рэд встречает Грина, и вместе они знакомятся с секретаршей президента компании «Сильф Ко.», производящей товары для покемонов. Секретарша говорит Рэду и Грину, что их офис захвачен Командой R.

В Лиге покемонов Рэд сражается и побеждает Элитную четвёрку, а затем вызывает на поединок чемпиона Лиги, которым оказывается Грин.