Год 1939. Именно тогда человечество столкнулось с неизвестным ранее врагом. Неожиданно появились те, кого потом назовут "Неурои". Никто не знал откуда пришли "Неурои" и что им было нужно... Но одно было известно точно — они начали тотальную войну против людей. Чтобы им противостоять, человечество изобрело оружие нового типа. Оружие увеличивающее магическую силу, единственное средство против "Неуроев". Современный аналог летающей волшебной метлы, использующий для полёта магию. Их пилотами стали ведьмы, прибывшие из разных стран и континентов. Для борьбы с "Неуроями" была организована элитная оперативная группа — 501-ое истребительное крыло. Люди назвали этих девушек — Штурмовые Ведьмы!

Ёсика вновь вступает в бой, чтобы спасти отца своей подруги, но её Страйкер едва не взрывается на взлётной полосе.

Когда Нейрой атакует крупнейший европейский порт накануне контрнаступления человечества, Ёсика должна сдерживать его в одиночку, без какого-либо оружия.

Ёсика снова теряет контроль над своей магией. Ей предстоит пройти дополнительные тренировки и приложить больше усилий, чтобы восстановить свои способности.

Мировой рекорд Ширли был побит, и она недовольна этим. Вместе с Луккини она пытается установить новый рекорд, но неожиданная угроза со стороны Нейроя быстро приближается.

Девушки делают остановку в Нидерландах, чтобы помочь легендарному цветку расцвести.

Когда Эрика сбита и оказывается на вражеской территории, Гертруда готова на всё, чтобы вернуть её обратно.

Таинственный идол вызывает увеличение груди у всех ведьм, и девушки постепенно становятся жертвами этого явления одна за другой.

По пути в Берлин первое, что нужно сделать, это отбить Киль, но во время патрульного полета Саня и Элия обнаруживают над Килем густой туман, который, похоже, создан Нейроем.

Ракетные атаки из гнезда Нейроя в Берлине угрожают базе в Киле. Только Минна может их остановить, но её магическая сила ослабевает.

Операция «Южный ветер» начинается с полномасштабного воздушного наступления на Берлин. Когда Ёсике приказывают остаться позади, чтобы сохранить её магию, Шизука берёт на себя инициативу, чтобы заполнить пробел.

С отключённой магической силой Мияфудзи человечество вынуждено использовать запасной план: мощный танк «Ратте». Но смогут ли они победить без своего лучшего аса?

Ёсика оказывается заперта внутри купола вокруг Берлина, а остальные ведьмы отрезаны. Смогут ли они проникнуть внутрь, чтобы спасти её вовремя?