В 9784 году по летоисчислению Содружества, ницшеанцы подняли восстание против Содружества Систем, стремясь избавиться от контроля и установить собственный порядок. Началась война, исход которой должен был изменить весь мир. Дабы не допустить победы врага, на встречу их флоту был направлен крейсер Звёздной Гвардии Содружества «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта. Однако, самое мощное судно из когда-либо созданных людьми, попало в западню ницшеанского флота. Не видя никаких возможностей спастись, капитан отдал приказ экипажу эвакуироваться с корабля. Сама же «Андромеды» вместе с капитаном Хантом стала пленником временной аномалии на границе чёрной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем было повержено, однако, Ницшеанская Империя так и не была создана. С этого времени вселенная погрузилась во тьму и хаос «Долгой Ночи». Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару», находящийся под командованием Беки Валентайн, смог вытащить когда-то могущественное судно Содружества с орбиты чёрной дыры. Для всех жителей вселенной прошло 303 года, тогда как для Дилана Ханта прошло лишь одно мгновение. Объединившись с членами экипажа «Эврики Мару», капитан Хант взялся за миссию по восстановлении Содружества Систем, прекрасно зная, что этот путь к его цели будет долгим и сложным.

Обнаружив правду о планете Сифра-1, Дилан должен освободить ее народ и воссоединить свой экипаж.

Дилан и Рэйд получили сигнал бедствия от Беки, только нашли ее интригующую с торговым магнатом, который захватил Андромеду для себя.

Экипаж воссоединяется с Харпером и загадочной Дойл, когда они сталкиваются с генетиком, стремящемся к перерождению Ведранцев. В целях устранения запрета на технологий, который отстраняет ее от достижения своей цели, она использовала страх для управления системой Сифра.

Всю свою жизнь, Дойл страдает от амнезии и ночных кошмаров. Когда приходит Арджент, «революционнер» андроид, Дойл открывает правду о своей жизни.

Беке предлагается таинственный приз Гласа Вергилия, единственного диджея Сифры, и она должна противостоять лидеру техно-полиции, Арду Бартону, который хочет взять его для себя.

Дилан и команда встречают офицера Старого Содружества, который пойман в петлю во времени.

Флавин возвращается чтобы обучить Дилана его способностям Парадина, в это время происходит война банд из-за его корабля и технологий.

Харпер обнаруживает кристалл, который может восстановить Андромеду на полную мощность. Тем не менее, для того чтобы получить несколько кристаллов, Дилан должны стать охранником для Каттара, владельца шахты, который использует рабов для извлечения кристалов.

Экипаж встречает Орланда, человека, который поддерживает ряд тоннелей на Сифре-1, который приводит их к Ведранской камере, в которой есть порталы, которые могут быть использованы для тессерактирования на другие восемь планет Сифры.

После убийства старика по имени Прэус, таинственный человек проходит через Путь веков, чтобы найти его убийцу. Бека, Раде, и Харпер являются главными подозреваемыми, и Дилан заключает сделку: незнакомец вернет Андромеду и его экипаж в известные миры, в обмен на наказание Диланом убийцы Прэуса.

Экипаж помогает повстанцам на Сифре-5, которые сражаются с местным полевым командиром. Для того, чтобы помочь им бежать, Харпер пытается перестроить квантовый телепорт при содействии другого ученого, который, как полагали, был мертв в течение нескольких лет.

Новый друг Беки, Питер, держит всю команду в опасности, с серией испытаний, кульминацией которых будет потрясающее открытие, которое может помочь экипажу — если они смогут сбежать из системы Сифра.

В поисках ответов, Трэнс встречает человека, утверждающего что он бог солнца. Между тем, в поисках сокровищ, Бека и Раде вместе попали в ловушку и должны предстать перед тестом, который будет либо даровать им богатство — или сведет их с ума.

Трэнс заболевает, когда она пытается тормозить ее солнце, которое грозит уничтожить внешние восемь планет Сифры и убить миллионы людей.

Харпер строит гигантский параболический рефлектор в попытке замедлить солнце Тарн-Ведры и задержать его до столкновения с планетами Сифры, в то время таинственная сущность угрожает Андромеде и ее экипажу.

В то время пока солнце Трэнс приближается, экипаж путешествует внутри искусственного солнца Метуса-2, чтобы восстановить ее и починить тормозную систему, которая должна установить солнце Трэнс в нужное положение.

После взрыва лаборатории, Дилан путешествует через серию альтернативных реальностей.

Ромми возвращается в экипаж после перестройки, чтобы помочь эвакуировать планеты Сифры.

Усилия экипажа по спасению населения Сифры-5 заходит в тупик, когда полевой командир, который контролирует большую часть планеты убеждает его фанатичных последователей, что приближающееся солнце — технологический обман, предназначенный для переезда жителей планеты и оставления планеты на разграбление.

Экипаж пытается спасти Трэнс с Метуса-2 и Харпера от генерала Бирмы, военачальника с Сифры-5, который находится в союзе с Бездной.

«Семья» Трэнс, аватары солнц, решают уничтожить Бездну — путем расширения точки Абсолютного Нуля, всасывающей Бездну и три галактики, имеющие в составе все известные миры.

Окончательная битва за спасение Нового Содружества Систем начинается, после уничтожения ницшеанцами Земли и атаки Таразеда, а Бездна преследует Андромеду и ее экипаж.