Кобато решает стать честным, скромным гражданином после того, как пережил горький опыт, известный как “работа мудрости”. Он заключает соглашение с Осанаи, своей одноклассницей, с той же целью, и они планируют поступить в старшую школу, ведя тихую жизнь. Но по какой-то причине вокруг них продолжают происходить необъяснимые события и катастрофы. Смогут ли Кобато и Осанаи когда-нибудь жить обычной, мирной жизнью?

Кобато и Осанаи договорились вести спокойную жизнь обычных учеников после поступления в старшую школу. Однако вскоре после этого в школе таинственным образом исчезает сумка, и Кобато просят помочь раскрыть это дело.

Кобато и Осанаи приглашены в дом Додзимы, где он готовит им какао по своему особому методу. Когда Осанаи уходит, Додзима спрашивает Кобато о том, как изменился его характер.

Во время выполнения классного задания ваза в шкафу, казалось бы, разбивается сама по себе, но за этим стоит тщательно продуманный план. Однако эта тайна быстро забывается, когда Осанай снова видит похитителя велосипедов и замышляет месть.

Кобато вместе с Кенго пытается докопаться до сути мотивов Сакагами. Похоже, в этом деле кроется нечто большее, чем предполагалось изначально. Однако беспокойство Кобато за Осанаи также растет.

Кобато находит плачущую Осанаи в школьном коридоре, но она убегает, не сказав ему, что произошло. В студенческом газетном клубе его ждет новая тайна, связанная с берлинскими пончиками с желе.

Осанаи посвящает Кобато в свои планы на летние каникулы. Однако торт, который он должен купить для нее, оказывается неотразимым даже для Кобато.

Незадолго до свидания с Осанаи Кобато сталкивается с Кенго, который делится тревожными новостями и оставляет странное сообщение. Вместе с Осанаи Кобато пытается разгадать тайну. Однако вскоре выясняется, что Осанаи в большой опасности.

Когда Кобато отправляется навестить Осанаи в ее доме, чтобы пригласить ее полакомиться засахаренными яблоками, он узнает, что ее похитили. Как только он выходит из квартиры, он получает таинственное сообщение от Осанаи и с помощью Кенго отправляется на ее поиски.

В завершение летнего сладкого тура по городу Осанаи угощает Кобато тропическим парфе в благодарность за ее спасение. Помимо этого вкусного угощения, Кобато также рассказывает всю правду о похищении Осанаи.

После долгого разговора Осанаи и Кобато приходят к выводу, что их соглашение провалилось, а вместе с ним и их дружба. С тех пор их пути разошлись.

После начала сотрудничества с Осанаем Ицукаити расследует возможную серию пожаров в городе.

Урино начинает писать статьи, предсказывающие места следующих подозрительных пожаров.

В школьной газете будут изменения. Кобато проявляет интерес к серийным пожарам.

У Урино есть план, как поймать поджигателя с поличным.

Правила Урино провоцируют эскалацию поджогов; Хиери поддерживает его, в то время как Осанаи дает советы по смене связей.

Урино и Кобато оба прибывают на место последнего пожара.

Кобато объясняет Осанаи, как он пришел к такому выводу о личности поджигателя.

Кобато вспоминает свою встречу с Осанаи, когда они учились в средней школе.

Кобато просыпается в больнице и видит коробку шоколадных конфет с сообщением от Осанаи.

В больнице Кобато вспоминает обстоятельства автомобильной травмы Хисаки в средней школе.

Кобато наконец удаётся увидеть Осанаи в больнице, и он узнаёт страшную правду.

Кобато и Осанаи наконец узнают всю правду и получают помощь от старого знакомого.