За тысячелетия своего существования человечество всегда выживало, даже в самых ужасных катастрофах. Но везение когда-нибудь заканчивается. Однажды на Землю пришли машины и обрушили на людей всю свою мощь. Перед лицом, казалось, несокрушимой угрозы человеческая раса была вынуждена покинуть Землю и укрыться на Луне. В изгнании люди создали армию боевых андроидов, дабы уничтожить захватчиков и вернуть дом, отнятый столетия назад. Это история об андроидах, что иногда человечнее своих создателей, и злых захватчиках из космоса. История о давно потерянном наследии и правде, которую лучше не знать.

При выполнении миссии погибает весь отряд андроидов. Единственной выжившей, 2B предстоит встретиться с 9S и вместе с ним найти и уничтожить огромного врага.

2B и 9S получили новое назначение: теперь их ждет встреча с Сопротивлением. Приставленный к лагерю андроид YoRHa перестал выходить на связь.

Попав в лагерь Сопротивления, 2B и 9S знакомятся с эксцентричной Джекэсс, которая сообщает, что в пустыне замечено необычное скопление Машин.

Орбитальная станция обнаружила сигнал чёрного ящика пропавшего ранее бойца. Перед исчезновением андроид оставил странное сообщение. 2B и 9S предстоит выяснить, что произошло.

Лилия просит 2B и 9S передать посылку для некоего Паскаля, главы деревни Машин. 9S не верит, что Машины способны не проявлять агрессии.

Оставшись с 2В наедине, Лилия рассказывает о своем первом знакомстве с YoRHa и о Второй, так похожей на саму 2В

Паскаль умоляет 2B и 9S помочь найти девочку, убежавшую в опасную зону — Лесное королевство. 2B неожиданно соглашается.

2B и 9S пытаются узнать больше о загадочном андроиде-дезертире. Лилия явно что-то скрывает, остается лишь надеяться на эксцентричную Джекэсс.

2B понимает, что 9S похищен, и устремляется на его поиски, понимая, что противник заманивает её в ловушку.

Пока измученный пытками 9S проходит тех. обслуживание, 2B получает задание ликвидировать Адама.

Внезапно активизировавшие Машины атакуют все позиции андроидов в городе. Лагерь Сопротивления в опасности, как и оказавшиеся в гуще событий бойцы YoRHa.

Для окончательной победы над Адамом 9S приходится взломать врага. Однако в процессе он подхватывает логический вирус.

9S и 2B отправляются на поиски пропавшей подруги одного андроида из Сопротивления. Вскрывшаяся правда шокирует 9S.

YoRHa начинают полномасштабное вторжение, намереваясь уничтожить Машин и положить конец войне.

Враг воспользовался бэкдором в системе Бункера и заразил практически всех бойцов YoRHa. Поняв это, 9S помчался на помощь 2В.

9S и 2В смогли сбежать из Бункера до взрыва, но за ними в погоню устремились заражённые андроиды.

Бот проигрывает воспоминания А2 об операции на Земле, пытаясь восстановить поврежденные участки памяти.

A2 приходит в себя в деревне Паскаля. Она со всех сторон окружена Машинами, которые, однако, не выказывают никакой враждебности

9S полон решимости отомстить за 2B и уничтожить всех Машин и А2. А2 же вновь оказывается в деревне Паскаля, где её ждут детишки.

A2 пытается защитить деревню Паскаля, в то время как 9S продолжает изучать Модули.

9S находит третий Модуль, где он получит последний пароль для доступа в Башню. А2 и Паскаль побеждают «Голиафа», но их ждёт новая беда.

Взломав башню, 9S оказывается в таинственном цифровом пространстве. Там он встречает прежнюю версию самого себя, стремящуюся привести его к истине, которую он до сих пор отказывается принять.

9S и A2 одновременно поднимаются по Башне, где их ждут загадочные девочки в красном и тайна, меняющая всё.

Для окончательной победы над Адамом 9S приходится взломать врага. Однако в процессе он подхватывает логический вирус.