Действие Май-Отомэ 2 происходит через год после событий My-Otome. Арика теперь полноценная Отome (хотя всё ещё находится под опекой мисс Марии), а Наги заточён в тюрьме где-то в Арии. Разные государства находятся в мире друг с другом и планируют провести переговоры S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks — Стратегические переговоры по ограничению числа Отome), чтобы обсудить сокращение их количества. Миссия по уничтожению метеора, угрожающего столкновением с Эрлом, запускает цепь событий, которые приводят к нападению таинственной теневой фигуры на Гардэроб и нескольких Отome, а также к появлению по всей планете новой, более мощной версии Слейва. Ситуацию усугубляет исчезновение королевы Маширо после ссоры с Арикой. Сериал рассказывает о поисках Маширо Арикой, а также о попытках Гардэроба раскрыть правду о таинственном враге.

Прошёл год после переворота против Наги, и могущественный новый враг угрожает нарушить мир во всём мире. Пока Мейстер Арика готова защищать людей, ссора между ней и королевой Маширо может обернуться для неё поражением.

Арика отправляется в Арию на поиски Маширо. Однако она оказывается втянутой в захват автобуса. Чтобы всё стало ещё хуже, появляется таинственный Слейв вместе с той самой теневой сущностью, которая напала на Гардэроб.

Нао и Нина исследуют скрытые руины, которые могут содержать ключ к разрешению текущего кризиса. Там они находят важную книгу. Однако теневая сущность решительно настроена помешать им любой ценой и не дать книге покинуть это место.

Оставив прошлое позади, Нина вновь обретает силы Отome, чтобы помочь Арике в финальной схватке с таинственной сущностью. Остальные Отome помогают, пытаясь остановить Чайлдсов, появившихся по всему миру.