Джесси и его приемные родители переезжают на побережье. Джесси получает работу в местном заповеднике по спасению дикой природы в научно-исследовательском центре, где Рэндольф теперь работает. Джесси обнаруживает, что у него есть способность говорить с животными, и это дает ему способность говорить с Вилли и другими обитателями заповедника.
Джесси обнаруживает, что говорит правду, после того, как он и Вилли находят Люсиль, морского льва, раненую Машиной.
Незаконная свалка токсичных отходов Машины на дне океана убивает семью дельфинов и отравляет Эйнштейна, застенчивого, но очень умного маленького дельфина.
Новый сногсшибательный импульсный сонар Машины - это именно то, что ему нужно для незаконного промысла китов для добычи нефти.
Энни чувствует, что они с Джесси расходятся, поэтому она предлагает ему отправиться с ней в круиз на новом научном корабле Stone Corporation для наблюдения за китами, не подозревая, что капитан корабля использует корабль, чтобы сбрасывать мусор на дно океана.
Марлен учится доверять Вилли, поскольку она и косатка должны работать вместе, чтобы спасти Джесси из глубокого лабиринта пещер, населенных большим угрем.
Неправильное генетическое исследование Машины создает гигантского кальмара, которого он называет Голиафом, цель которого - уничтожить Вилли.
Люсиль считает, что быть человеком - это весело, и чтобы найти больше человеческих друзей, она добровольно соглашается стать частью морского цирка.
Машина заманивает сотни акул в прибрежные воды Туманного острова в надежде разрушить туристическую экономику.
Воздействие пестицидов на птиц и животных анализируется, когда Люсиль знакомит членов банды института с Фейт, коричневым пеликаном, яйца которого ломаются слишком рано.
Джесси сталкивается с Машиной, которая пытается уничтожить все потоки лосося на Туманных островах незаконной вырубкой.
Борьба института с незаконным промыслом принимает политический оборот, поскольку команда института использует закон, чтобы остановить незаконное использование дрифтерных сетей в международных водах.
Джесси находит золотой дублон, и его постепенно охватывает золотая лихорадка, пока он и неохотный Вилли ищут пиратские сокровища.
Разочарованные в своем стремлении разоблачить истинную личность Машины, Джесси и Вилли натыкаются на разгадку из его прошлого: неземной корабль-призрак, полный нестабильного военного материала.
Машина сбегает с Туманных островов и планирует отомстить Институту Туманного острова. Приходит старый друг Рэндольфа Бен Шор и помогает банде победить Машину и спасти институт. После этого Бен, Рэндольф, Марлен, Джесси, Люсиль и Вилли направляются в Арктику.
Эко-рейнджеры прибывают в Арктику, чтобы начать экологическую работу над окружающей дикой природой, только чтобы узнать, что там была подозрительная охота на тюленей.
После преследования небольшой группы охотников на китов, подозреваемых в том, что они были посланы Машиной, Бен вынашивает план по доставке Машины властям.
Джесси и Вилли обнаруживают нетронутый остров после плавания по подводному ходу. К сожалению, Машина следует за ними и планирует преобразовать красоту острова в индустриализацию, используя его природные преимущества.
Эко-рейнджеры останавливаются в небольшом городке на Аляске, чтобы помочь решить проблему с перенаселенностью тюленей. Люсиль, чувствуя себя обделенной, решает присоединиться к стаду.
Продолжая свое путешествие на Туманный остров, команда Eco Ranger останавливается, чтобы встретиться с местной исследовательской группой после того, как они столкнулись с цунами. Затем Джесси влюбляется в женщину-исследователя из этой команды, из-за чего Вилли чувствует себя одиноким и обделенным.
Бывший учитель Марлен, доктор Эллиот, создал новую формулу, называемую затвердеванием масла, чтобы навсегда остановить разливы нефти. К сожалению, Машина узнает о формуле и начинает строить планы по ее использованию.
Эко-рейнджеры возвращаются домой вовремя, чтобы отпраздновать Рождество, и Джесси получает особый подарок от неизвестного благотворителя - водный мотоцикл. Пробуя его, он обнаруживает, что на самом деле это было от Машины, которая наполнила судно образцом красного прилива из Флориды, и теперь оно извергает микробы в не по сезону теплые воды острова Туманный и вызывает красный прилив.